Les zones humides sont bien présentes en zone montagneuses (têtes de bassin). Cependant, il y a un fort contraste dans la connaissance de celles-ci entre les zones situées sur le Parc Naturel Régional du Haut Languedoc bien recensées et la partie de plaine où aucun inventaire n’a été effectué.
Les milieux aquatiques ont tendance à se fermer par manque d’entretien et par drainage de certaines zones humides. Les tourbières recensées couvrent environ moins de 1% du territoire où sont présentes 10% des espèces rares de la région ce qui montre l’intérêt de ces milieux. De même, il est reconnu l’intérêt de préserver ces milieux pour leurs fonctionnalités (soutien d’étiage, écrêtement des crues, autoépuration…) bien que ces dernières soient très mal évaluées.